在正式出现制药工程专业这个名称以前，国内的高校依据自身的条件已经设置了与此相关的专业，譬如化学制药专业、中药学专业、抗菌素专业、精细化工专业、微生物制药专业等。这些专业有的是设置在医药科大学，有些设置在综合性大学，更多的是设置在理工科大学内。当然，由于主管院校性质的不同，这些专业的侧重点也是不同的。从专业面讲，新设的制药工程专业是一个宽口径的专业，它涉及化学制药、生物制药、中药制药等领域。

　　在1998年以前，国内曾经出现过与制药工程专业类似的专业，譬如抗菌素专业、微生物制药专业等，这些应该都与制药工程专业的产生有很大的渊源，原本已有的化学制药专业当然毫无例外地转为制药工程专业。一些医药类院校设置有微生物制药专业，从教育部的归类来看，该专业应该并入生物工程专业，事实上，一些院校还是选择了与此更相近的制药工程专业。1997年，合肥工业大学与安徽中医学院联合创办了五年制制药工程专业，实行在两个学校分别学习的制度。这是我国第一个制药工程专业。合肥工业大学作为制药工程专业的先驱者，为本专业的发展奠定了基础。在1998年颁布本科新专业目录的时候，也就是在制药工程专业出现于本科专业目录的同时，在化工类专业中的一个非常热门的专业——精细化工专业却从该目录中消失了。据统计，那时全国至少有174所高校设有精细化工专业，其中有不少精细化工专业都把化学药物的合成制备作为一个重要的内容。因此，尽管按照新的专业目录，精细化工专业应以化学工程与工艺专业的名义招生，但事实上还是有相当数量的精细化工专业看准了制药工程方向，改建成制药工程专业。

　　在设置制药工程专业的初期，能赶上这个节拍的高等院校并不多，主要是一些原来设有化学制药的工科类大学和原来设有药学类专业的理科类大学。随着人们对“药”这个特殊产品越来越重视，不少高校非常看好这个专业，通过转型或新建形成了制药工程专业。

　　截止到2015年，我国开设制药工程本科专业的学校从当初的1997年合肥工业大学与安徽中医学院合办的第一家，已有近280家，其中属国家级特色专业的有15家，国家级程师计划的有15家，通过国际等效工程教育认证的有5家。截至2015年6月，集三者于一身的只有华东理工大学和合肥工业大学制药工程专业。